Phim kể về một đêm tối, cảnh sát Nhật Bản bị đột kích bởi một gián điệp. Những tài liệu mật của những cơ quan tình báo hàng đầu như : MI6 (Anh), BDN (Đức), CIA (Mỹ) và cơ quan FBI – Cục Điều Tra Liên Bang Mỹ có nguy cơ bị đánh cắp. Tuy nhiên những nhân viên an ninh phụ trách An Ninh Quốc Gia do Amuro chỉ huy đã xuất hiện kịp thời. Tên gián điệp đã đánh cắp một chiếc xe và tìm đường tẩu thoát. Trong lúc truy đuổi Amuro cùng các nhân viên an ninh và tên gián điệp đã bị mắc kẹt trên đường cao tốc dưới cái nóng gay gắt và trước khi xảy ra một vụ tai nạn liên hoàn, chiếc xe của tên gian điệp đã bị bắn rơi khỏi đường cao tốc bởi viên đạn từ khẩu súng trường của điệp viên FBI – Akai Shuuichi. Ngày hôm sau, Conan cùng các bạn đến thăm quan một thủy cung mới được tu sửa của Tokyo. Dưới đu quay khổng lồ, nơi thu hút khách du lịch của thủy cung, Conan bắt gặp một người phụ nữ xinh đẹp, quyến rũ bị thương và đang ở một mình. Đôi mắt của cô mang hai màu khác nhau. Nhưng cô gái đang trong tình trạng bị mất trí nhớ, cô thậm chí không thể nhớ tên của bản thân mình và chiếc điện thoại di động cô mang theo người cũng đã bị hỏng. Conan và các bạn của mình hứa sẽ giúp cô lấy lại trí nhớ, vì vậy họ đã ở lại cùng cô gái.