Trái Đất đã bị hủy diệt hoàn toàn. Con người nơi đây thì phải “tẩu tán” tới một thiên hà gần đó. Tuy nhiên, dù qua bao thế hệ thì họ vẫn cố gắng đòi lại lãnh thổ từ những kẻ xâm lăng thuộc hành tinh Gauna. Nhân vật chính của chúng ta tên là Nagate Tanikaze. Vì một “duyên cớ” nào đó, anh ta được nhận vào học viện đào tạo phi công ở Sidonia. Và từ đó, cuộc đời Nagate thay đổi. Trước đó anh ta chỉ là một thằng ất ơ không rõ mục đích sống. Còn lúc này anh ta lại gánh vác trọng trách của một “anh hùng giải cứu nhân loại”. Liệu Nagate có đáp ứng được kỳ vọng mà thế giới gửi anh ấy không?